经过20多年的发展，马尾海关已成为福州关区最大的下属，约占福州关区的65%，下设办公室、人事政治部、监察部、技术部、财务部、通关部,几乎涵盖了通关、税务、检验、监控、对台小额贸易、旅检等所有业务海关属于通关基层海关,马尾海关主要负责监管辖区内进出境运输工具、货物、行李等物品，征收关税等税费，打击走私，编制海关统计和办理其他业务海关,海关商务。
经过20多年的发展，马尾 海关已成为福州关区最大的下属，约占福州关区的65%，下设办公室、人事政治部、监察部、技术部、财务部、通关部。另外，1999年国家成立海关缉私警察成立时，直属大队成立于马尾-1/，2001年改为马尾-1/缉私分局。马尾 海关主要负责监管辖区内进出境运输工具、货物、行李等物品，征收关税等税费，打击走私，编制海关统计和办理其他业务海关。
2、 马尾 海关的业务特点第一，管辖范围广。下辖福州马尾区、福州港其他作业区以及长乐融通码头、罗源石齐码头、连江可门码头、长乐融通码头、黄岐台湾监管点、福州出口加工区等30多个作业区，监控区域多、线长、面广，二是承接业务量大。承担了福州关区约65%的业务量和近60%的税收任务，主要负责马尾辖区内进出境运输工具和货物的现场监管、马台直航、对台小额贸易、福州市区铁路运输、福州港鳌峰洲作业区进出口货物、物品的现场监管、办理企业注册、征收关税、打击走私、编制统计等工作。海关商务，第三，经营品类齐全。几乎涵盖了通关、税务、检验、监控、对台小额贸易、旅检等所有业务海关属于通关基层海。
